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SSL用のフォルダはprivate_html またはhttpsdocsを使用します。
通常SSLで保護したいファイルは、そこにアップロードする必要があります。その後https接続でアクセスすることでSSL接続が実現できます。
具体的にはWebサイトのアドレスがhttp://www.***.com/だった場合SSL接続のアドレスは次のようになり、
https://www.サーバーごとに異なるSSL用のドメイン/~ユーザー名
接続できるようになります。管理パネル上で確認が可能です。データベースなどもそのまま使用できます。
現在は証明書がないSSL接続ならできます。今後はオプションなどの形で提供できればと思っております。
InstantSSLPro又は、 Geotrust社の128bitSSL認証を利用しております(サーバー・プランによって異なります。)。ブラウザの認識率は99%となっております。